前不久，中国证监会发布了《监管规则适用指引——关于申请首发上市企业股东信息披露》，要求对于特定股权架构为两层以上且为无实际经营业务的公司或有限合伙企业(即“多层嵌套”)，中介机构应当对该股东层层穿透核查到最终持有人。
实务中，股东以多层嵌套的方式持有上市公司股份的情况并不罕见。需要注意的是，多层嵌套的方式不同，取得股息、转让股票时的税务处理也不同，建议上市公司的投资者关注其中差异，结合自身的资本交易规划统筹安排，合规进行税务处理。
一、传统模式下的多层嵌套
传统模式下，股东一般会通过公司间接持有上市公司股权，比如自然人甲某投资A公司，再由A公司持有上市公司B的股权。在这样的投资架构中，上市公司B向A公司分配股息时，根据企业所得税法，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益属于免税收入，A公司可免予就该收入缴纳企业所得税。但是，A公司向自然人甲某分配股息时，甲某应当适用20%的税率缴纳个人所得税。
在处置B公司股份时，有两种模式可以选择，一种是由甲某转让A公司股权，间接转让上市公司股份，另一种模式就是由A公司直接转让上市公司B的股权，再由A公司向甲某分配利润。在第一种模式下，甲某转让A公司股权取得的收入属于财产转让所得，适用20%的税率缴纳个人所得税即可。
在第二种模式下，假设A公司为一般纳税人，适用25%的企业所得税税率。A公司转让B公司股权时，属于转让金融商品，需要适用6%的税率缴纳增值税。A公司取得的收入应适用25%的税率缴纳企业所得税，同时，A公司发生的融资成本等合理费用在计算企业所得税时可税前扣除。在A公司向甲某分配利润时，由A公司履行代扣代缴义务，适用20%的税率扣缴甲某“利息、股息、红利所得”的个人所得税。
二、基于有限合伙企业的多层嵌套
相较于一般意义的公司，有限合伙企业实现了收益权和决策权的分离，控制人作为普通合伙人，可以用较少的资本取得更多的投票权。基于有限合伙企业的多层嵌套中，最常见的股权架构模式，就是自然人通过控制有限合伙企业，间接持有上市公司的股权。
假设自然人乙某为有限合伙企业E的控制人，并通过E间接持有上市公司F的股权，同时F投资项目公司G。在将G公司的利润依次向上分配时，上市公司F可享受企业所得税免税优惠。有限合伙企业不属于企业所得税的纳税人，因此E公司取得F公司分配的股息时，不能享受税收优惠。
根据《国家税务总局关于<关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定>执行口径的通知》(国税函〔2001〕84号)，以合伙企业名义对外投资分回利息或者股息、红利的，需要根据先分后税原则，确定各个投资者的所得，再分别按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。 在转让上市公司股权时，可以选择由有限合伙企业E直接转让上市公司股权。此时，假设E公司为一般纳税人，需要适用6%的税率缴纳金融商品转让增值税。E公司取得的股权转让收入，应当作为生产经营所得，按照先分后税的原则缴纳个人所得税。
此外，自然人也可通过转让有限合伙企业的合伙份额，间接转让上市公司股份。根据《国家税务总局关于个人终止投资经营收回款项征收个人所得税问题的公告》(国家税务总局公告2011年第41号)，自然人取得的转让有限合伙企业合伙份额的收入，按照“财产转让所得”项目计算缴纳个人所得税即可。
三、基于资管计划的多层嵌套
投资人基于契约型资管计划持有上市公司股份，无须办理工商登记，持股方式更为灵活便捷。实务中，企业制定员工持股计划时，通常会选择这一方式。根据管理人金融机构类型、投资对象、是否公开发行等情况，契约型资管计划又可以分为公募基金、私募基金、信托和银行理财等。
根据现行税收政策，公募基金持有上市公司股权的税务处理较为明确。如果自然人是通过公募基金持有上市公司股权，上市公司向资管计划管理人分配股息红利的，根据《财政部 国家税务总局 证监会关于实施上市公司股息红利差别化个人所得税政策有关问题的通知》(财税〔2012〕85号)，可适用上市公司股息红利差别化政策计征个人所得税，上市公司扣缴相应税款后，直接向公募基金管理人支付税后股息。
公募基金转让上市公司股票的，根据《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》(财税〔2016〕36号附件3)第一条第二十二款，管理人可以享受增值税免税优惠。所得税方面，由于转让所得不属于管理人，因此管理人无须缴税。
近年来，自然人通过信托等私募性质的资管产品持有上市公司股权的情况愈发常见。根据《财政部 国家税务总局关于资管产品增值税有关问题的通知》(财税〔2017〕56号)，资管产品管理人运营资管产品过程中发生的增值税应税行为，暂适用简易计税方法，适用3%的征收率缴纳增值税。严格来说，私募性质的资管计划不能适用证券投资基金的税收优惠政策，因此管理人在转让上市公司股权时，通常需要缴纳增值税。在所得税方面，同公募性质的资管计划一样，转让所得不属于资管计划的管理人，管理人无须缴税。
此外，契约型资管计划向自然人投资人分配投资收益时，由于现行税收政策中，管理人向自然人投资人分配的利润属于哪种收入类型尚未明确，因此实务中未要求管理人履行扣缴义务。
需要注意的是，对于上市公司向私募性质的资管计划分配股息，能否适用上市公司股息红利差别化政策计征个人所得税存在争议。笔者认为，现行的《证券投资基金法》已将非公开发行的资管计划纳入到证券投资基金范畴，对私募性质的资管计划征收个人所得税是符合税收公平原则的。建议纳税人在遇到相关事项的税务处理时，提前与主管税务机关沟通，避免引发税务风险。
来源：每日税讯
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